由于把《源代碼》的故事改編并融進了“環太平洋”的故事里面，所以新的故事就要圍繞著怪獸做文章。
第三次穿越時空的“茜茜”因為和“怪獸”的時空蟲洞的開啟在維度上相互干擾，導致她沒有到達她想去的地方，只好留在了這個時空。
她的出現也讓正在接手“星辰”科技的人員發現，大為驚奇，為了保守這個秘密，特意為她偽造了身份，并安排其執行“源代碼”的計劃。
“源代碼”的計劃是在秘密基地進行，這個計劃是為了讓人們在訓練的時候，能夠身臨其境的體驗真實的戰爭而實施的。
這次要拍攝的就是給劉亦菲增加的戲份，再說放著劉藝菲和黃博這么好的兩個演員不用，那還用誰？
電影中，茜茜利用自己100年后的知識，和黃博在實驗室里，很快完成了一項能夠完全鏈接人體和電腦的技術。
這個技術可以讓士兵們通過“人機鏈接系統”進入提前設定好的虛擬世界，達到沒有傷亡的且更加真實的訓練的目的。
“人機鏈接系統”研究成功后，在前期利用死囚實驗的鏈接反應的過程中，卻意外發現人腦的兩個特點。
一個是人腦的余暉效應，就是說人腦在死亡后，腦部磁場的能量會短暫的停留，此時的腦回路仍然是開放的；
另一個是人腦的閃存功能，人腦死亡后，仍然能保持一段時長為8分鐘的短期記憶。
他們兩人發明的這個“人機鏈接系統”就可以充分地利用人腦的這兩個特征，把一個已經死亡的大腦中最后記錄的8分鐘記憶提取并寫入另一個大腦中，就像把錄像帶放進了播放機中一樣。
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