楊玄感挺近關中后，攻打弘農行宮，被弘農太守、宗室大臣楊智積使計牽制，后又在宇文述、屈突通、來護兒和衛文升的聯合打擊下自殺身亡，其弟楊玄縱、楊選獎、楊萬碩、楊民行、楊積善等人在兵敗后被俘虜，楊廣還都洛陽后下令斬首示眾，改其姓氏為梟氏。李密韓式噁等附逆世家子弟在兵敗后都不知所蹤。楊廣在收到這次打擊后更是大怒，命御史大夫裴蘊、刑部侍郎骨儀、大理寺卿鄭善果與洛陽留守樊子蓋一起追查楊玄感的余黨，光祿大夫趙元淑、兵部侍郎斛斯政、宗室大臣觀王楊雄之子楊恭道皆因為被舉報與楊玄感暗通或殺或逃。弄得朝廷百官宗室大臣人人自危。楊廣覺得還不滿意，一心想懲治那些參與楊玄感兵變的老百姓。
“各位愛卿，楊玄感一呼而從者十幾萬，從這件事情上看，這天下亂民實在是太多了，看來不殺是不行了，所以你們在審理的時候寧可錯殺一萬，絕對不可以放過一個。”樊子蓋一聽，心中明白這次兵變的主要原因是天災不斷，再加上遼東戰況不好，戰爭沒有帶來多少好處，就上前勸說道：
“皇上，反叛固然可惡，但如今賦稅徭役沉重，很多地方天地荒蕪，人口短缺，如今遼東戰事吃緊，運河未通，而且他們大部分都是從者，還望陛下不要旺增殺戮，就把他們都罰為苦役去修運河吧！一面顯示圣上的寬仁，另外一面可以加快修河進度。”樊子蓋邊說邊看著楊廣的臉色。楊廣靜靜地看著樊子蓋，在樊子蓋說出要赦免那些與楊玄感叛亂的百姓時，楊廣的心里很不舒服，可看在樊子蓋忠心耿耿的份上，再加上他是楊侗的老師，如果懲處了他，會傷了一些人的心，如今大亂剛平，一切以穩定為主。
“各位還有其他的意思嗎？”裴蘊搶先出班奏道：
“皇上，臣以為樊老尚書說的沒有錯，可自古以來都是以嚴刑峻法治理天下，約束人心，那些叛亂者也許有很少部分人確實是為人所迫，但天下多有渾水摸魚之輩，接這次叛亂謀求私利者不少，要知道當年秦始皇建立起來的華夏第一個統一的龐大帝國，后來就是因為二世皇帝對民間反叛之人充耳不聞，以普通盜賊任之，終為大患，因此，臣以為應該對他們明正典刑，以還天下太平。”裴蘊的話說到了楊廣的心坎里。楊廣一生中最崇拜的就是秦始皇，一心要超過秦始皇的功業，而不管是在漢時還是后世的官方歷史讀物中，總把秦王朝的覆滅歷史歸咎為濫用民力，其實根據歷史學家的考究，當年秦王朝滅亡有兩點原因：第一是以趙佗為首的安南兵團不承認胡亥的帝國繼承人的身份，在秦王朝快要覆滅的時候沒有及時的回到中原救援
，第二個也是最主要的原因是秦二世胡亥對民變的縱容，在地方官吏向他稟報民變的時候，他總是以幾個盜賊為名，沒有馬上進行鎮壓，使得民變越來越大，終于成為燎原之勢，使得中國第一個統一的王朝覆滅。
“裴愛卿所言極是，這件事情就勞煩裴愛卿了。記住，對首惡之人要嚴懲不貸，對脅從嗎！就從輕處理吧！”話是這樣說，裴蘊領旨后，以嚴刑逼供，株連等手段，殺人數萬，流放過十幾萬，抄家所得金銀百萬先給楊廣，楊廣特別高興，賜予裴蘊美貌婢女十數人。
太原河東宣撫使署官衙，李淵一直關注著楊玄感的一切消息，自從楊廣一征高句麗失敗后，李建成在他的面前露出了一點心思，李淵害怕引起楊廣的猜疑，讓李建成驗收口風，不要再暴露自己的心思。楊玄感起兵以后，他馬上向留守洛陽
長安的楊侗和楊侑發送了請戰文書，并以防止叛亂為名訓練鄉勇，打造兵器，對在遼東的楊廣也送去了書信，解釋一切，但楊廣和留守的王子都沒有對他有什么表示，讓李淵有些如坐針氈。如今，長安、洛陽因為楊玄感兵變受到牽連的官宦世家不計其數，被發配到嶺南和遼東的人絡繹不絕，李淵也不敢太過表示，只好靜靜地等待。
雖然楊玄感叛亂平息，但由于隨軍主力撤退，奪得的高句麗的徒弟又被高句麗重新占領，楊廣的心里總是不是滋味，感覺有塊石頭壓在心頭。睡到半夜，突然滿身冷汗的驚醒。
“救命啊！救命！”睡在楊廣身旁的蕭皇后馬上向楊廣問道：
“皇上，您怎么了？”
“皇后，我做了一個夢，我夢見走在京城的城樓上，城樓上突然長出一棵楊樹，枝繁葉茂，上頭開滿了花，還停留著一只火龍，哪里知道突然龍飛走了，四面八方洶涌而來的洪水把朕包圍了。楊樹的花也開始凋謝了，京城也被洪水淹沒了。這時洪水突然退卻了，又有一棵李子樹長了起來，上面好像結出了很大的李子。所以朕就大喊了出來。這是不是上天給朕的什么預兆。”蕭皇后聽了后，也不好說什么，只好輕輕地安慰著楊廣。
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