司獄司，是知府衙門掌察理獄囚諸事的機構，設司獄1人，秩從九品。
吏房：掌署內考勤，鄉紳、丁憂、起復，在外省做官各事。
戶房：掌戶口管理，征稅納糧，災荒賑濟等事。
禮房：掌興學、科舉、教化、旌表、禮儀、祭祀、節慶等事。
兵房：掌兵差、民壯、考武、治安等事。
刑房：掌破案偵緝、堂事筆錄、擬寫案牘，管理刑獄諸事。
工房：掌工程營造，修理倉庫，起蓋衙門等事。
鋪長房：掌郵傳及迎送官員之事。
承發房：應辦各種公文信札，皆由此房掛號，又分發各房轉辦。
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